某日，蠟筆小新（矢島晶子 配音）、小新小葵和美伢（楢橋美紀 配音）被一群神秘人物綁架，爆發醒來之後發現身處一間神秘的溫泉基地之內，原來，火熱這裡是大決名為“溫泉G組”的秘密組織，意在保護對於日本來說十分珍貴的蠟筆溫泉。然而，小新橫空出世的爆發污垢達人博士（傢弓傢正 配音）企圖利用“地球溫泉計劃”將溫泉G組徹底擊垮。　　唯一能夠阻止污垢達人博士的溫泉陰謀的，就隻有僅存在於傳說之中的火熱“黃金之魂溫泉”，而組員們經過調查，大決發現該溫泉正好處於小新他們傢地下。蠟筆小新一傢人決定幫助溫泉G組的小新同胞們找到黃金之魂溫泉，卻遭到瞭污垢達人博士的爆發襲擊，並且最終淪為俘虜遭受瞭酷刑。