第二集中，黑客尼奧（基努·裡維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”，帝國他的矩陣身體在真實世界的飛船上陷於昏迷，思想卻被困在介於“母體”和真實世界的革命中間地帶，這個地方由“火車人”控制。黑客墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道瞭尼奧的帝國情況，在守護天使的矩陣帶領下， 找到瞭“火車人”的革命控制者梅羅紋奇，經過一番激鬥，黑客將尼奧救瞭出來。帝國　　此時，矩陣電子烏賊部隊對錫安發起瞭猛烈的革命攻擊，人類組織所有機甲戰士展開頑強的黑客抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛瞭一艘飛船克服重重困難，帝國到達機器城市，矩陣尼奧終於見到瞭機器世界的統治者“機器大帝”，雙方談判並達成瞭協議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯，以換取錫安的和平。　　在“母體”中，尼奧和史密斯展開瞭關系人類生死存亡的最後決鬥。