1999年，戰機某個東西被卡車運出瞭館山市。械哥幾天後，斯拉哥斯拉登陸瞭館山，戰機特生自衛隊出動與之展開瞭苦戰。械哥在戰鬥中，斯拉自衛隊員傢城茜（釈由美子 飾）意外害死瞭戰友葉山二尉（森末慎二 飾），戰機自己卻僥幸活瞭下來，械哥並被派去瞭資料科。斯拉 另一方面，戰機日本政府在柘植真智子首相（水野久美 飾）的械哥指揮下，召集瞭湯原德光（宅麻伸 飾）等科學傢開始研究對付哥斯拉的斯拉G兵器。他們以在館山沖挖掘出來的戰機初代哥斯拉骨骼為基礎，用瞭四年制成瞭機械哥斯拉——3式機龍。械哥柘植首相辭職，斯拉由科學技術廳長官五十嵐隼人（中尾彬 飾）就任新首相。同時，茜被派去瞭機龍隊，擔任機龍的操作員。 就在準備機龍測試機動時，哥斯拉又在東京灣出現瞭。機龍趕赴現場與哥斯拉對戰，卻因哥斯拉的吼聲喚醒瞭體內的野獸靈魂，突然暴走，在城市中造成瞭大破壞。 為瞭改良機龍，湯原改變瞭機龍DNA計算機的堿構造，使機龍不會再受哥斯拉叫聲的幹擾。但由於對再次暴走的擔憂，五十嵐遲遲不允許出動機龍。 哥斯拉再度出現在東京灣，一路無視特生自衛隊的攻擊來到瞭品川，令城市變成瞭一片火海。面對如此情景，五十嵐終於同意讓機龍出動。 為瞭打敗哥斯拉，機龍被送到瞭品川。茜也抱著必死的覺悟。機龍和茜的戰鬥就這樣開始瞭。
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