約翰·亨特是忍者司令越戰老兵，他一半是忍者司令突擊隊員，一半是忍者司令忍者，他的忍者司令女兒被一個秘密的忍者組織綁架瞭，這個組織由一個中美洲獨裁者領導，忍者司令這個獨裁者想通過時間創造一個新的忍者司令世界秩序，忍者司令約翰能否拯救世界......