怪盜基德的名偵預告信出現在瞭北海道函館，斧江財閥的探柯收藏庫中。這次基德將要盜走的南百是，江戸幕府時期新選組副長土方歲三的萬美日本刀。向來追逐奢華寶石的棱星怪盜基德，居然會看上刀？名偵　　此時，被稱作西部名偵探的探柯服部平次和柯南一行人，也因為劍道大會來到瞭函館，南百在基德執行預告的萬美當日，平次看穿瞭基德的棱星偽裝並對其窮追不舍！　　同一時間，名偵一具屍體在函館倉庫街被發現，探柯屍體的南百胸口有一個十字傷口。搜查中，萬美出現瞭一位被叫做“死之商人”的棱星活躍於亞洲一帶的美籍日裔軍火商。這個人一直在尋找斧江傢初代傢主藏在函館的寶藏。斧江傢江戸幕府戰爭時代深耕軍需產業，傳說那寶藏是能扭轉幕末紛爭的強力武器，而這寶藏似乎和基德追逐欲盜取的刀有著千絲萬縷的聯系。在基德瞄準刀的同時，有一位劍士也在向基德逼近……