延續前一集的馬達劇情，獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、加斯加逃斑馬馬蒂（克裡斯·洛克 Chris Rock 配音）、往非長頸鹿邁爾曼（大衛·休默 David Schwimmer 配音）、馬達河馬格洛裡亞（賈達·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鵝們，加斯加逃為瞭能離開馬達加斯加島回到五光十色的往非紐約，對一架破舊的馬達失事飛機進行維修改造，並成功起飛。加斯加逃當大傢已經開始慶祝終於可以回到紐約時，往非飛機卻意外降落，馬達迫降到瞭非洲大草原上。加斯加逃在這兒，往非獅子亞歷克斯終於見到瞭它的馬達父母。但是加斯加逃由於生活習性上太多不一樣，而且言行舉止各異，往非使得這群紐約來的動物們顯得格格不入。這群昔日紐約中央公園的動物明星們，在這野外艱難的環境中應該怎麼辦？雖然在這兒遇見瞭自己的同類，但因為習性不同，使得自己無法完全融入他們的群體。為瞭能融入環境，與同類們建立良好的關系，大傢都是施展各種招式，笑料百出。